A Escola de Farmácia de Ouro Preto foi criada em 4 de Abril de 1839 a partir da lei nº 140 que foi sancionada pelo Conselheiro Bernardo Jacinto da Veiga, Presidente da Província de Minas Gerais. Iniciava-se, assim, o ensino farmacêutico no Brasil, que não existia nos tempos coloniais. As atividades da Escola de Farmácia iniciaram na cidade de Ouro Preto no prédio do Colégio Assunção, local onde hoje funciona a Pousada Mondego.

As atividades aconteceram do decorrer dos anos em vários prédios da cidade sendo suas atividades, instaladas a partir de 1893 até 2013, no prédio da Rua Costa Sena, antiga travessa dos Jangadeiros onde hoje funciona o Museu da Farmácia. O Museu da Farmácia teve sua origem na década de 1960 com a iniciativa de um grupo de professores da instituição, que interessados pela história da farmácia, adquiriram de um antiquário, o mobiliário pertencente à “Pharmacia Magalhães”, que funcionou em Ouro Preto desde o final do século XIX até o inicio do XX. Após 30 anos de aquisição da do mobiliário, outro grupo de professores e funcionários decidiu reunir material antigo disperso pelos laboratórios da EFar.

O acervo era composto por equipamentos, materiais didáticos, mobiliário, drogas, documentos, livros, periódicos e teses elaboradas por alunos e professores. Em 2010 foi formada uma comissão Acadêmica e Administrativa para o Museu que teve como objetivo principal desenvolver ações sistemáticas que possibilitassem a abertura do Museu para o público. Assim em 04 de Abril de 2011, dentro das comemorações dos 172 anos da Escola de Farmácia o Museu foi reaberto e desde então vem ampliando as suas exposições e atividades buscando trazer ao público visitante uma reflexão sobre a função do medicamento no processo saúde /doença no mundo contemporâneo.